La métagénomique globale ou shotgun consiste à séquencer tous les ADN d’un échantillon pour reconstituer la composition des communautés présentes et déterminer les fonctions portées par ces communautés (i.e qui est là et qu’est-ce qu’ils font …).
De manière similaire, la métatranscriptomique consiste à étudier l’ensemble des ARN issus de la transcription des génomes de l’ensemble des organismes faisant partie d’un milieu.
Services
La métagénomique globale et la métatranscriptomique sont proposées en short read sur séquenceur NextSeq 2000 d’Illumina et en long read sur séquenceur P2 Solo d’Oxford Nanopore Technologies.
Prérequis
Minimum 1 µg d’ADN de haut poids moléculaire (dosage par fluorescence) pour la métagénomique globale sur séquenceur Illumina et minimum 2 µg pour la métagénomique globale sur séquenceur Oxford Nanopore. Plus de détails dans les prérequis génériques WGS.
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur
- Fichiers fastq démultiplexés
- Rapport du run de séquençage (MultiQC)
- Analyse avec Dragen Metagenomic pour Illumina ou WIMP pour Oxford Nanopore