La métagénomique globale ou shotgun consiste à séquencer tous les ADN d’un échantillon pour reconstituer la composition des communautés présentes et déterminer les fonctions portées par ces communautés (i.e qui est là et qu’est-ce qu’ils font …).
De manière similaire, la métatranscriptomique consiste à étudier l’ensemble des ARN issus de la transcription des génomes de l’ensemble des organismes faisant partie d’un milieu.
Services
La métagénomique globale et la métatranscriptomique sont proposées en short read sur séquenceur Illumina NextSeq 2000 et en long read sur séquenceur Oxford Nanopore GridION.
Prérequis
Minimum 1 µg d’ADN de haut poids moléculaire (dosage par fluorescence) pour la métagénomique globale sur séquenceur Illumina et minimum 2 µg pour la métagénomique globale sur séquenceur Oxford Nanopore.
Pour toute demande d’analyse de métatranscriptomique, veuillez contacter la PGTB.
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur
- Fichiers fastq démultiplexés
- Rapport du run de séquençage (MultiQC)
- Analyse avec Dragen Metagenomic pour Illumina ou WIMP pour Oxford Nanopore
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 