La plateforme a investi dans une machine de calculs puissante pour contrôler à la fois le MinION et le P2 solo et ainsi assumer la montée en débit des flow cells PromethION.
La plateforme bénéficie ainsi d’une grande capacité de calcul pour le basecalling haute précision, l’alignement en direct ainsi que l’Adaptive Sampling.
| Reads Haute Qualité – HERRO (Haplotype-aware ERRor cOrrection) Un outil récent, HERRO (https://github.com/lbcb-sci/herro), permet une « auto-correction » des reads nanopore. Il s’agit de la même équipe qui avait déjà développé des outils très largement utilisés comme Racon et Pilon. Les reads corrigés par HERRO sont ainsi de très haute qualité (>> Q30). Cette correction de reads s’applique uniquement aux reads au-delà de 5 Kb. L’application première est donc l’assemblage de génomes. La PGTB dispose des ressources informatiques adéquates pour vous fournir ces reads corrigés (format fasta) en plus des fastq bruts. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.18.594796v1 |
Kits
LSK114 : maximum de débit, barcoding possible en ligation. Pour séquençage shotgun, métagénomique et amplicons
RBK114 : maximum de rapidité, minimum d’ADN et minimum de coût. Barcoding possible par tagmentation. Pour séquençage shotgun et métagénomique
RNA Direct : Séquençage d’ARNm natifs. Accès aux isoformes et aux bases modifiées
cDNA : Séquençage stranded des ARNm. Accès aux isoformes
Flow Cells & débits
Plusieurs facteurs impactent la quantité de données générées quel que soit le type de flow cell :
- Qualité / pureté de l’ADN (ARN)
- Taille des molécules
- Fraicheur des kits & flow cell
Flongle R10 : < 500Mb – Flow cell bas débit. Idéal pour réaliser des tests à bas coût.
MinION R10 : 3 – 10Gb
PromethION R10 : 40 – 100Gb
