
Actualités 28/03/23 : La PGTB a participé en mars aux réunions de lancement des deux projets MISTIC et AGRODIV du PEPR Agroécologie et Numérique auxquels elle va contribuer pendant les prochaines années. Plus d’informations sur cette page. 23/02/23 : La PGTB recrute un(e) Assistant(e) ingénieur(e) en biologie moléculaire spécialisé en séquençage Illumina, dans le cadre d’un concours externe. Plus d’informations sur cette page. 08/11/22 : La Newsletter #9 de la PGTB est disponible ! Nous y faisons un bilan après 1 an d’utlisation du NextSeq 2000 et vous présentons les dernières avancées en séquençage long read Oxford Nanopore Technologies (lire la suite). |
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) est une infrastructure technologique adossée à l’UMR BIOGECO ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique et aux acteurs industriels.
La PGTB fait partie de l’Infrastructure de Recherche INRAE Genomics, avec les plateformes GeT et CNRGV de Toulouse, Gentyane de Clermont-Ferrand et EPGV de d’Evry. La PGTB est par ailleurs membre du réseau France Génomique, qui regroupe les principales plateformes de génomique au niveau national. Elle est membre de la Fédération des Plateformes Labellisées de l’Université de Bordeaux et elle est labellisée Plateforme stratégique par l’INRAE (CNOC) et le GIS IBISA.
La PGTB développe et propose des services faisant appel à des technologies moyen et haut débit reposant sur le séquençage (séquençage de courts et longs fragments d’ADN, métagénomique ciblée, séquençage de génomes et de transcriptomes, métagénomique totale et métatranscriptomique, capture de gènes, …), la recherche et le génotypage de mutations (SNP, INDEL et microsatellites), la quantification de l’expression de gènes et l’analyse d’ADN environnemental, sensible ou ancien en laboratoire confiné.
Les domaines d’expertise de la PGTB
- Développement et génotypage de marqueurs microsatellites par séquençage Illumina
- Métagénomique ciblée (metabarcoding) sur séquenceur Illumina MiSeq
- Métagénomique et métatranscriptomique sur séquenceur Illumina NextSeq 2000
- DNAseq et RNAseq sur séquenceurs Illumina MiSeq et NextSeq 2000
- Capture Agilent SureSelect sur ADN et ADN methylé
- Séquençage long-reads Oxford Nanopore Technologies sur GridION
- Génotypage SNP / INDEL par spectrométrie de masse sur MassArray System (Agena Biosciences)
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