La PGTB propose une méthode de génotypage de SNP par séquençage haut-débit qui présente plusieurs avantages :
– la possibilité de passer jusqu’à 192 marqueurs dans un seul multiplex
– la possibilité de génotyper de 95 à 1140 échantillons en une fois
-la révélation de l’ensemble des types de polymorphismes présents dans la zone environnante du SNP d’intérêt.
Services
Nous proposons un service clé en main comprenant :
- le design des amorces en multiplex à partir du fichier de séquences des marqueurs SNP
- leur amplification par PCR hautement multiplexée (jusqu’à 192 marqueurs testés)
- la construction des banques et le séquençage Illumina (jusqu’à 1 140 individus par run dont 95 individus répétés pour validation des données lors de la première analyse servant à la mise au point des marqueurs)
- l’analyse bio-informatique permettant de générer le tableau de génotypes.
Ces étapes peuvent être adaptées en fonction des besoins spécifiques (nombre d’individus et de marqueurs à analyser, …).
Prérequis
Prérequis pour l’analyse SNPseq
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur.
Les fichiers fastq de séquençage ainsi que les résultats d’analyse envoyés au format Excel comprennant :
- la couverture de chaque locus
- les informations alléliques
- le tableau des génotypes