Capture

Des sondes biotinylées de 120 bases sont utilisées pour capturer des régions d’intérêt. Mises en solution avec la librairie d’ADN, les sondes s’hybrident à leur cible. Les fragments d’ADN ciblés liés aux sondes sont capturés à l’aide de billes magnétiques couplées avec de la streptavidine ayant une forte affinité pour la biotine présente sur les sondes. L’ADN non ciblé est éliminé par des lavages successifs, alors que le complexe sonde-séquence cible est retenu par aimantation. Une courte amplification par PCR permet d’augmenter la quantité de séquences et de dégrader les sondes. Le séquençage peut se faire indépendamment sur Illumina MiSeq ou NextSeq 2000 (selon le nombre de cibles et/ou d’échantillons).

Avantages

• Capture de panels de taille variable (jusqu’à 24Mb)
• Tolérance aux polymorphismes : un panel de sondes peut être utilisé sur des espèces proches
• Technologie performante pour la capture des ADN anciens ou dégradés
• Possibilité de saturer certaines régions d’intérêt en augmentant la densité des sondes (tilling)

Inconvénients

• Nécessite de l’ADN de haute qualité
• La tolérance des sondes peut entrainer une hybridation sur d’autres zones du génome (off-target)

Services

Capture SureSelect sur ADN et ADN méthylés, sur des panels de 0,5Mb à 24Mb, pour quelques échantillons jusqu’à plusieurs centaines. Le séquençage est réalisé sur séquenceurs Illumina MiSeq ou NextSeq 2000 selon le nombre d’échantillons et la taille du panel.

Prérequis

Selon le protocole utilisé, 1 à 3 µg d’ADN, dosé en fluorescence (Qubit par exemple).

Le design des sondes est réalisé par Agilent Technologies. La PGTB peut accompagner l’utilisateur pour cette étape (préparation du génome de référence et du fichier BED avec les régions ciblées).

Résultats

Transmis par mail ou déposés sur serveur

• Fichiers fastq démultiplexés
• Rapport du run de séquençage (MultiQC)