La PGTB dispose de quatre séquenceurs Illumina : un NextSeq 2000, deux MiSeq et un iSeq 100, ainsi que deux séquenceurs Oxford Nanopore Technologies : le GridION et le MinION.
Les séquenceurs Illumina
Les applications et principales spécifications techniques de chaque séquenceur Illumina sont détaillées ci-dessous :
Les séquenceurs Oxford Nanopore
Le séquençage Long Reads d’Oxford Nanopore Technologies a l’avantage de permettre le séquençage direct de brins natifs (ADN ou ARN) : pas de biais de PCR, ni de signal de fluorescence. De plus, il est possible d’avoir directement accès aux bases modifiées (méthylation, etc)
Les autres avantages sont principalement la rapidité de réalisation des librairies et du séquençage, ainsi que l‘analyse en direct (selon l’application).
D’autre part cette technologie est toujours en constante évolution, les algorithmes de basecalling sont régulièrement mis à jour, permettant ainsi d’améliorer d’anciens jeux de données (gratuitement) sans avoir à séquencer à nouveau.
La PGTB possède un GridION et 2 séquenceurs MinION (dont le Mk1C) :
Les applications principales des séquenceurs Oxford Nanopore :
- Séquençage shotgun : assemblage de génomes, reséquençage, épigénétique (méthylation), détection de CNV
- Séquençage ciblé : amplicons, capture, Cas9
- Métagénomique totale ou ciblée : possibilité de séquencer sur le terrain
- Séquençage d’ARN direct ou cDNA : caractérisation et quantifications des isoformes, ARNm pleine longueur
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 