La PGTB vous propose un service de séquençage de novo ou le reséquençage de petits génomes :
- Le séquençage de novo consiste à obtenir la séquence d’un organisme pour lequel il n’existe pas de séquence de référence dans les bases de données publiques.
- Le reséquençage permet d’identifier les variations génomiques de type SNP et indels en alignant les séquences issues de reséquencage sur la séquence de référence.
La préparation de banques pour le séquençage Illumina consiste à fragmenter l’ADN génomique mécaniquement ou enzymatiquement à des tailles d’environ 200-300pb. Des adaptateurs sont ensuite ajoutés pour permettre le séquençage. Pour le séquençage Oxford Nanopore, il est possible de réaliser une sélection de taille sur les ADN afin de maximiser la taille des molécules séquencées.
Services
Le séquençage peut se faire en short read avec la technologie Illumina sur le NextSeq 2000 ou le MiSeq en fonction de la taille du génome et de la profondeur souhaitée. Le séquençage peut également se faire en long read avec le GridION de la technologie Oxford Nanopore.
L’assemblage de novo à partir de données short read, long read ou la combinaison des deux est proposée en prestation par la PGTB. L’identification de polymorphismes (SNP, INDEL, SSR, CNV) est également proposée en prestation.
Prérequis
Séquençage Illumina : a minima 1 µg d’ADN de haut poids moléculaire (dosage par fluorescence).
Séquençage Oxford Nanopore : a minima 2 µg d’ADN de haut poids moléculaire (dosage par fluorescence)
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur
Selon le service demandé :
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 