Génotypage

Contrairement au séquençage de l’ADN, qui permet de détecter sans connaissance préalable la présence de variants (SNP, INDEL, SSR ou microsatellites, …), le génotypage se focalise sur des polymorphismes connus, à des positions précises du génome.

La PGTB propose plusieurs solutions de génotypage bas et moyen débit, à adapter en fonction du type et du nombre de marqueurs ciblés ainsi que du nombre d’échantillons à analyser.

Le génotypage de SNP et INDEL sur système MassArray est particulièrement adapté pour étudier quelques dizaines de marqueurs sur des grandes séries d’échantillons (plusieurs centaines à quelques milliers). Il offre également l’avantage d’être assez peu sensible à la qualité et la quantité d’ADN, et l’analyse des données ne demande pas de connaissances particulières en bioinformatique.

Le génotypage de SSR ou SSRseq est à la fois une technique de génotypage, car on cible des SSR préalablement identifiés, mais également une technique de séquençage, car on va pouvoir détecter de nouveaux polymorphismes dans les régions flanquantes du SSR ciblé. Cette approche est particulièrement adaptée dans les études de génétique des populations, d’apparentement ou de recherche de parenté ou encore pour densifier des cartes génétiques. Plusieurs centaines d’échantillons peuvent être analysés sur plusieurs dizaines de marqueurs simultanément. La PGTB propose par ailleurs une solution complète pour les espèces orphelines ne disposant pas de ressources génomiques.

La caractérisation de sites méthylés CpG sur système MassArray d’Agena Bioscience, sur quelques dizaines d’échantillons et éventuellement plusieurs régions méthylées (taille maximale de chaque région : 600pb). Cette application n’est pour l’instant accessible que dans le cadre de projets R&D.