La métagénomique ciblée (metabarcoding)

La métagénomique ciblée (metabarcoding) permet d’établir un inventaire des organismes (bactéries, archées, eucaryotes) présents dans un milieu complexe (tissus, fèces, salive, échantillons de sol, eau, air, aliments…). Cette méthode, qui est une alternative à la culture d’échantillons en laboratoire, est basée sur l’analyse de l’ADN environnemental par séquençage haut débit (NGS) à partir de régions d’ADN ciblées, préalablement amplifiées par PCR.

L’analyse de metabarcoding ciblée par séquençage nouvelle génération (NGS) comprend plusieurs étapes. L’ADN total est tout d’abord extrait de l’échantillon puis un marqueur informatif sur le plan taxonomique et commun à un groupe d’intérêt spécifique sera amplifié. Il est également possible d’analyser simultanément plusieurs marqueurs d’intérêt en multiplexage. Les amplicons obtenus sont séquencés et analysés par bioinformatique pour déterminer quels sont les organismes présents dans l’échantillon et selon quelle abondance relative. 

La PGTB propose cette analyse en short read sur séquenceur MiSeq d’Illumina et en long reads sur séquenceur GridION d’Oxford Nanopore Technologies :

 Short readLong read
Nombre de séquences maximal/run20 M5 M
Nombre d’échantillons maximum/run38496
Taille maximale de la  cible550 pbPlusieurs kb

La PGTB met également à votre disposition un laboratoire spécifique ADNe pour l’extraction des ADN à partir d’échantillons environnementaux et la préparation des librairies dans des conditions optimales.

  • Métagénomique ciblée sur séquenceur Illumina

Services

Nombre d’échantillons multiple de 24 (24, 48, 72…) et pouvant aller jusqu’à 384.

Type d’échantillon : ADN ou produits de PCR avec une queue moléculaire spécifique

Séquençage sur Illumina MiSeq, choix de la flow cell en fonction du nombre d’échantillons et de cibles analysés, et de la profondeur de séquençage visée.

Prérequis

Résultats

Transmis par mail ou déposés sur serveur

Selon le service demandé :

  • Fichiers fastq démultiplexés
  • Rapport du run de séquençage (MultiQC)
  • Si bioanalyse : rapport et fichier de résultats d’analyse des données (table d’abondance des OTU ou ASV avec leurs affiliations taxonomiques, alpha et beta diversité, …)

  • Métagénomique ciblée sur séquenceur GridION

Services

Nombre d’échantillons à définir en fonction de la taille des cibles

Type d’échantillon : ADN ou produits de PCR avec une queue moléculaire spécifique

Prérequis

30 µL d’ADN dosé à 15 ng/µL minimum au fluorimètre (type Qubit)

Intégrité et pureté des ADN suffisants pour obtenir des produits de PCR long range

Résultats

Transmis par mail ou déposés sur serveur

Selon le service demandé :

  • Fichiers fastq démultiplexés
  • Rapport du run de séquençage (PycoQC)
  • Analyse sur la plateforme EPI2ME (16S, WIMP...).