La PGTB vous propose un service de séquençage de novo ou le reséquençage de petits génomes :
- Le séquençage de novo consiste à obtenir la séquence d’un organisme pour lequel il n’existe pas de séquence de référence dans les bases de données publiques.
- Le reséquençage permet d’identifier les variations génomiques de type SNP et indels en alignant les séquences issues de reséquencage sur la séquence de référence.
La préparation de banques pour le séquençage Illumina consiste à fragmenter l’ADN génomique mécaniquement ou enzymatiquement à des tailles d’environ 200-300pb. Des adaptateurs sont ensuite ajoutés pour permettre le séquençage. Pour le séquençage Oxford Nanopore, il est possible de réaliser une sélection de taille sur les ADN afin de maximiser la taille des molécules séquencées.
Services
Le séquençage peut se faire en short read avec la technologie Illumina sur le NextSeq 2000 ou en long read avec le P2 Solo de la technologie Oxford Nanopore Technologies.
Prérequis
Séquençage Illumina : prérequis spécifiques disponibles ICI.
Séquençage Oxford Nanopore : a minima 2 µg d’ADN de haut poids moléculaire (dosage par fluorescence), dans au moins 25µL.
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur
Selon le service demandé :
- Fichiers fastq démultiplexés
- Rapport du run de séquençage (MultiQC pour Illumina, PycoQC pour Oxford Nanopore)
Publications associées
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Baby, V., Ambroset, C., Gaurivaud, P., Falquet, L., Boury, C., Guichoux, E., Jores, J., Lartigue, C., Tardy, F., Sirand-Pugnet, P., 2023. Comparative genomics of Mycoplasma feriruminatoris, a fast-growing pathogen of wild Caprinae. Microb Genom 9, 001112. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001112
Penaud, B., Laurent, B., Milhes, M., Noüs, C., Ehrenmann, F., Dutech, C. 2022. SNP4OrphanSpecies: A bioinformatics pipeline to isolate molecular markers for studying genetic diversity of orphan species. Biodiversity Data Journal 10: e85587. https://doi.org/10.3897/BDJ.10.e85587