Analyse
La première spécificité du séquençage Long Reads d’Oxford Nanopore technologies est le séquençage direct de brins natifs (ADN ou ARN). Pas de biais de PCR, ni de signal de fluorescence. De plus il est donc possible d’avoir accès aux bases modifiées (méthylation, etc)
Les autres avantages sont principalement la rapidité de réalisation des librairies et du séquençage, ainsi que l’analyse en direct (selon l’application).
D’autre part cette technologie est toujours en constante évolution, les algorithmes de basecalling sont régulièrement mis à jour, permettant ainsi d’améliorer d’anciens jeux de données (gratuitement) sans avoir à séquencer à nouveau.
Nous pouvons utiliser 2 types de Flow Cells (MinION pour un maximum de données ou Flongle pour amplicons, tests…)
Les Applications sont très variées :
WGS (assemblage de génomes, reséquençage, épigénétique (méthylation), détection de CNV)
Séquencage ciblé (amplicons, capture, Cas9)
Métagénomique totale ou ciblée (eDNA), possibilité de séquencer sur le terrain.
Séquençage d’ARN direct ou cDNA (caractérisation et quantifications des isoformes, ARNm pleine longueur)
La PGTB possède 2 instruments, aux capacités différentes, utilisant cette technologie :
♦ Le GridION
Séquençage au laboratoire
5 flow cells peuvent être utilisées en parallèle
Basecalling haute précision en direct
♦ Le MinION
Contrôlé par un laptop, séquençage hors laboratoire possible.
1 seule Flow cell
Basecalling faible précision en direct (pour un aperçu des données). Les datas sont ensuite basecallées en haute qualité au laboratoire.
Accès
La préparation des librairies est accessible en mise à disposition et en prestation. Le séquençage est exclusivement réalisé par la PGTB.
La fourniture des réactifs et consommables par la PGTB est obligatoire.
Echantillons
L’utilisateur doit s’informer à propos des pré-requis ICI. Les ADN, ARN et amplicons pourront être contrôlés par TapeStation 4200 et par Qubit avant la construction de la librairie.
En mise à disposition…
Contrôles des librairies
La validation des librairies est faite par Tapestation 4200 et par Qubit.
Validation du run
La PGTB ne peut garantir un résultat à l’utilisateur.
Résultats
Les résultats sont déposés sur un serveur soumis à un accès par identifiant et mot de passe réservé à l’utilisateur.
En prestation…
Contrôles des librairies
La validation des librairies est faite sur Bioanalyzer 2100 ou Tapestation 4200 et sur Qubit.
Résultats
Les résultats sont déposés sur un serveur soumis à un accès par identifiant et mot de passe réservé à l’utilisateur.
Applications :
– Assemblage de génomes
– Détection de méthylations
– Caractérisation de CNV
– RNA-Seq (caractérisation et quantification complète d’isoformes, ARNm pleine longueur)
– Métagenomique totale ou ciblée
– Séquencage sur le terrain (e-DNA) – MinION
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 