La transcriptomique consiste à séquencer tout ou partie des ARN transcrits (ARNm, miRNA, ARN non-codants etc…) dans le génome à un moment donné et dans des conditions données. Cette technique utilise le séquençage haut débit pour identifier et quantifier le transcriptome. Ces analyses permettent d’étudier l’expression de gènes, les réseaux d’expression des gènes et les mécanismes d’épissage alternatif.
Services
Nombre d’échantillons à définir avec la PGTB, en fonction du séquenceur, de la flow cell et du nombre de reads ciblés. Il est recommandé d’ajouter des réplicats pour les analyses RNAseq.
Le séquençage peut se faire en short read sur NextSeq 2000 d’Illumina ou en long read sur P2 Solo d’Oxford Nanopore Technologies.
Prérequis
Séquençage Illumina : 1 µg d’ARN total et RIN >7
Séquençage ONT : 3 kits sont proposés selon la nature des besoins et des ressources disponibles :
- Séquençage des brins natifs d’ARNm pleine longueur (>500 ng d’ARNm)
- Séquençage stranded de cDNA pleine longueur non-amplifiés (>100 ng d’ARNm)
- Séquençage stranded de cDNA pleine longueur amplifiés (>10 ng d’ARNm)
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur
Selon le service demandé :
- Fichiers fastq démultiplexés
- Rapport du run de séquençage (MultiQC pour Illumina, PycoQC pour Oxford Nanopore)
- Analyse sur DRAGEN RNA pipeline pour le séquençage Illumina
Publication associée
Lopes, M., Vincent, A., Thomas, F., Clouard, C., Comte, R., Brien, M., Chambeaud, J., Hérault, F., Guichoux, E., Boury, C., Resmond, R., & Merlot, E., 2024. Data paper: Dataset describing the effects of environmental enrichment and sows’ characteristics on the peripheral blood mononuclear cell transcriptome. Animal – Open Space.https://doi.org/10.1016/j.anopes.2024.100078