Les microsatellites sont des marqueurs multi-alléliques hautement polymorphes qui consistent en une succession d’un motif répété dont le nombre de répétitions varie entre allèles.
La PGTB a développé une méthode de génotypage de microsatellites par séquençage haut-débit qui présente 2 grands avantages :
(1) pouvoir révéler l’ensemble des types de polymorphismes présents dans le motif répété ainsi que dans la zone environnante
(2) se baser sur la séquence d’ADN des allèles permettant ainsi une qualification absolue de la nature des allèles facilitant le partage de données génotypique entre projets ou laboratoires.
Vous trouverez plus de détails sur cette méthode développée par la PGTB dans la publication associée et la liste des espèces pour lesquelles nous avons développé des marqueurs sur ce dataverse régulièrement mis à jour.
Services
Nous proposons un service clé en main comprenant :
- le développement de marqueurs microsatellites à partir de données de séquençage aléatoire réalisé à faible profondeur par la PGTB ou à partir de ressources génomiques préexistantes
- leur amplification par PCR hautement multiplexée (habituellement 60 microsatellites testés)
- la construction des banques et le séquençage Illumina (jusqu’à 1 140 individus par run dont 95 individus répétés pour validation des données lors de la première analyse servant à la mise au point des marqueurs)
- l’analyse bio-informatique permettant de générer le tableau de génotypes.
Ces étapes peuvent être adaptées en fonction des besoins spécifiques (type de ressources disponibles, nombre d’individus et de marqueurs à analyser, …).
Prérequis
Prérequis pour l’analyse SSRseq
Résultats
Transmis par mail ou déposés sur serveur.
Les résultats d’analyse sont envoyés au format Excel et comprennent :
- la couverture de chaque locus
- les caractéristiques de chaque locus
- les informations alléliques
- le tableau des génotypes
Les fichiers fastq et le rapport de run (MultiQC) sont également fournis.
Publications associées
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