Le génotypage de marqueurs SNP et INDEL est réalisé au sein de la PGTB via la technologie iPLEX Gold sur MassARRAY System d’Agena Bioscience.
Cette technologie permet l’analyse de SNP di, tri et tétra-allèliques et l’analyse d’INDEL de 40 pb maximum, avec un niveau de multiplexage jusqu’à 40 marqueurs pour un même échantillon.
La méthode consiste en la réalisation d’une première PCR locus spécifique, suivi d’une extension d’amorce avec une base modifiée (ddNTP) qui va venir s’hybrider directement sur le polymorphisme d’intérêt. En utilisant le spectromètre de masse MALDI-TOF, la masse des différentes amorces d’extension (comprenant la base modifiée) va permettre d’identifier les différents allèles. Cette technologie très robuste permet notamment l’analyse d’ADN dégradés ou en faible quantité.
Services
Différentes combinaisons d’analyse sont possibles pour une même puce :
- 380 échantillons sur 1 multiplex
- 190 échantillons sur 2 multiplex
- 95 échantillons sur 4 multiplex
Analyse des données par la PGTB ou par l’utilisateur dans nos locaux après formation à l’utilisation du logiciel.
Prérequis
- Noms et séquences des marqueurs SNP et INDEL au format txt pour le design des multiplex. Plus il y a de candidats, plus le design sera facilité et le niveau de multiplexage élevé.
- 30 µL d’ADN dilués à ~ 10 ng/µL en plaques 96 compatibles
Veuillez télécharger les prérequis spécifiques :
Résultats
Résultats transmis par mail, déposés sur serveur ou à venir analyser dans nos locaux.
Selon le service demandé :
- Résultats bruts au format xml
- Tableaux de génotypes et représentation graphique des génotypes de chaque marqueur, après analyse des données par le personnel de la plateforme
Publications
Kremer, A., Delcamp, A., Lesur, I., Wagner, S., Rellstab, C., Guichoux, E., and Leroy, T., 2024. Whole-genome screening for near-diagnostic genetic markers for four western European white oak species identification. Annals of Forest Science. https://doi.org/10.1186/s13595-024-01236-9
Capo, L.F., Degen, B., Blanc-Jolivet, C., Tysklind, N., Cavers, S., Mader, M., Meyer-Sand, B.R., Paredes-Villanueva, K., Honorio Conorado, E.N., Garcia-Davila, C.R., Troispoux, V., Delcamp, A., & Sebbenn, A.M., 2024. Timber Tracking of Jacaranda copaia from the Amazon Forest Using DNA Fingerprinting. Forests. https://doi.org/10.3390/f15081478
Padrón, M., Milhes, M., Delcamp, A., Guichoux, E., Guizien, K., 2023. Development of a set of SNP markers for population genetics of the sea peach (Halocynthia papillosa). Conservation Genet Resour 15, 145–147. https://doi.org/10.1007/s12686-023-01313-7
Blanc-Jolivet C, Mader M, Bouda H-N, Massot M, Daïnou K, Yene G, et al. Development of new SNP and INDEL loci for the valuable African timber species Lophira alata. Conservation Genet Resour. mars 2021;13(1):85‑7. https://doi.org/10.1007/s12686-020-01173-5