Génotypage de SNP et INDEL

Le génotypage de marqueurs SNP et INDEL est réalisé au sein de la PGTB via la technologie iPLEX Gold sur MassARRAY System d’Agena Bioscience.

Cette technologie permet l’analyse de SNP di, tri et tétra-allèliques et l’analyse d’INDEL de 40 pb maximum, avec un niveau de multiplexage jusqu’à 40 marqueurs pour un même échantillon.

La méthode consiste en la réalisation d’une première PCR locus spécifique, suivi d’une extension d’amorce avec une base modifiée (ddNTP) qui va venir s’hybrider directement sur le polymorphisme d’intérêt. En utilisant le spectromètre de masse MALDI-TOF, la masse des différentes amorces d’extension (comprenant la base modifiée) va permettre d’identifier les différents allèles. Cette technologie très robuste permet notamment l’analyse d’ADN dégradés ou en faible quantité.

Services

Différentes combinaisons d’analyse sont possibles pour une même puce :

• 380 échantillons sur 1 multiplex
• 190 échantillons sur 2 multiplex
• 95 échantillons sur 4 multiplex
• 94 échantillons sur 1 multiplex

Analyse des données par la PGTB ou par l’utilisateur dans nos locaux après formation à l’utilisation du logiciel.

Prérequis

• Noms et séquences des marqueurs SNP et INDEL au format txt pour le design des multiplex. Plus il y a de candidats, plus le design sera facilité et le niveau de multiplexage élevé.
• 30 µL d’ADN dilués à ~ 10 ng/µL en plaques 96 compatibles

Veuillez télécharger les prérequis spécifiques selon le format souhaité :

Résultats

Résultats transmis par mail, déposés sur serveur ou à venir analyser dans nos locaux.

Selon le service demandé :

• Résultats bruts au format xml
• Tableaux de génotypes et représentation graphique des génotypes de chaque marqueur, après analyse des données par le personnel de la plateforme