Cette application n’est pour l’instant accessible que dans le cadre de projets R&D.
La PGTB propose une méthode de caractérisation des sites méthylés (CpG) par analyse sur système MassArray d’Agena Bioscience. Les cytosines méthylées sont mises en détectées par leur masse plus élevée, mise en évidence après traitement bisulfite et transcription in vitro :
Services
Chaque puce comporte 96 positions qui peuvent être exploitées selon différents formats :
- 96 échantillons sur 1 cible
- 48 échantillons sur 2 cibles
- 32 échantillons sur 3 cibles
- 24 échantillons sur 4 cibles
- 16 échantillons sur 6 cibles
Analyse des données par le personnel de la PGTB
Prérequis
Prérequis pour le génotypage MassArray 96
- 30 µL d’ADN dilués à 50 ng/µL en plaques 96 compatibles (dosage par fluorescence)
- Noms et séquences cibles où sont localisées les CpG (taille max : 600pb) au format .txt ou .csv
Résultats
Résultats transmis par mail ou déposés sur serveur
Le logiciel fournit pour chaque amplicon un tableau avec les niveaux de méthylation de chaque CpG, la séquence nucléotidique associée, ainsi qu’un épigramme :
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 