Quantification et expression de gènes

Les deux technologies de quantification et de détection mis à disposition à la PGTB sont la PCR en temps réel (qPCR) et la Droplet Digital PCR (ddPCR).

La ddPCR est basée sur le fractionnement par émulsion des réactions PCR en 20.000 microgouttelettes, permettant une quantification absolue du nombre de copies d’un ADN cible sans avoir besoin de courbes standards. Le partitionnement de l’échantillon permet également de réduire les biais liés à l’efficacité de l’amplification et aux inhibiteurs de PCR.

De multiples applications sont possibles avec ces deux technologies :

  • Quantification Relative ou Absolue (ADN et librairies NGS)
  • Détection de variants rares et de pathogènes
  • Expression de gènes
  • Variations du nombre de copies (CNV)

Services

Utilisation en autonomie après formation par le personnel de la PGTB

Nombre échantillons analysés : Multiple de 8 jusqu’à 96 échantillons

Compatibilités fluorochromes : Intercalant SybrGreen/EvaGreen ou sondes d’hydrolyse TaqMan avec FAM, HEX (+ VIC)

Cibles : ADN et ADNc

Prérequis

10 µL d’ADN dosé en fluorescence

Prévoir un témoin positif

Résultats

Analyse des données réalisée par l’utilisateur après mise en autonomie sur le logiciel d’analyse QuantaSoft de Bio-Rad pour la ddPCR ou le logiciel LightCycler 480 de Roche pour la qPCR.

  • Fichiers .ixo de données brutes pour la qPCR
  • Fichiers .qlp de données brutes pour la ddPCR
Exemple de résultat obtenu en qPCR
Exemple de résultat obtenu en ddPCR